第1任校長 內山矩留先生

任期:民國25年〜民國34年

重要記事:

1.民國25年創校,由佳里街和其他5個街庄共同創設,創校校名為「北門國民農學校」,招收學生36人,假佳里公學校開學。

2.民國26年3月18日 新校舍落成暨遷校典禮。

3.民國28年3月22日第一屆畢業生27人,致力於培養農村中堅領導份子。

第2任校長 李廷燕先生

任期:民國34年11月〜民國35年3月

重要記事:

學校校名改為「台南縣立北門初級農業職業學校」

第3任校長 高文瑞先生

任期:民國35年4月〜民國37年2月

重要記事:

1.縣府聯合刊印中等學生習作

2.農民可利用學校場地曝曬新穀。

第4任校長 陳雨水先生

任期:民國37年2月〜民國40年2月

重要記事:

1.禁止沿用日語文教學。

2.介紹中華民國憲法論乙書。

3.陳雨水校長擔任民教劇社演劇比賽評判員。

第5任校長 吳國樑先生

任期:民國40年2月〜民國41年7月

重要記事:

1.電報本校校史。

2.本校吳席珍老師兼任曾文家商美術科教員。

第6任校長 王天燧先生

任期:民國41年8月〜民國41年10月

重要記事:

修建本校教室2間。

第7任校長 曾迺敦先生

任期:民國41年11月〜民國54年9月

重要記事:

1.44年8月教育部指定為「台南縣立北門示範初級農業職業學校」

2.47年改制五年制校名改為「台南縣立北門農業職業學校」

第8任校長 李兆彥先生

任期:民國54年9月〜民國57年7月

重要記事:

民國56年增設五年制農產製造科、園藝科

第9任校長 劉智先生

任期:民國57年8月〜民國69年7月

重要記事:

1.57年8月1日改為三年制高級農校,更改校名為「台灣省立北門高級農業職業學校」。

2.58年增設工科,改校名為「台灣省立北門高級農工業職業學校」

第10任校長 陳峰津先生

任期:民國69年8月〜民國74年7月

重要記事:

1.民國72年4月農業土木科、校長宿舍竣工,10月機製科館竣工。

2.民國73年加工科二館、土木科二館竣工。

第11任校長 曾元晃先生

任期:民國74年8月〜民國78年7月

重要記事:

1.民國75年圖書資料館、教職員工單身宿舍竣工。

2.民國76年8月奉准設立延教班,招收電子修護科一班

3.民國77年中正堂落成。

4.民國78年農科教學大樓開工。

第12任校長 溫烘祥

任期:民國78年8月〜民國81年7月

重要記事:

1.省建設廳人員參觀中正堂。

2.力行大樓新建工程開工。民國81年4月落成啟用。

第13任校長 何宋錦

任期:民國81年8月〜民國84年7月

重要記事:

1.民國82年新建溫室完工啟用。

2.83年8月1日增設「特殊教育班」,招收食品加工科1班。

第14任校長 林哲雄

任期:民國84年8月〜民國90年7月

重要記事:

1.民國85年依人民團體法正式召開校友會。10月特教大樓第一期工程完工。

2.民國86年日新大樓新建工程開始,開辦綜合高中,招生三班。

3.民國87年特教大樓第二期工程完工、球場完成,附設進修補習學校,招收食品加工科1班。

4.民國88年日新大樓落成使用。

5.民國89年2月奉令更改校名為「國立北門高級農工職業學校」

第15任校長 蘇清安

任期:民國91年2月〜民國99年7月

重要記事:

1.民國93年實用技能班增設日間電腦繪圖班一班。

2.民國95年第一位國際扶輪社交換學生(巴西)恩西奇入學。

3.民國97年負責辦理台南區97學年度高中高職聯合登記分發入學工作。

4. 民國99年7月維新館動土興建。

第16任校長 柯銀德先生

任期:民國99年8月〜民國103年7月

重要記事:

1.民國99年教學大樓、學生宿舍、加工二館、土木二館、圖書館、製圖科館補強工程完工。

2.民國100年1月電子科館及機電一館(維新館)完工啟用、12月莊敬樓完工啟用。

3.民國101年300公尺運動場及跑道整修工程完工(PU跑道)、11月完成「造園科防水防熱工程」。

4.民國101年承辦「臺南區101學年度高中高職及五專聯合登記分發入學」業務。

第17任校長 張福祥先生任期:民國103年8月 〜民國107年7月

重要記事:

1.民國104年3月10日,國教署署長吳清山蒞臨,全校師生、家長會及校友會共同發起–「森活北門.深種福田」植樹活動。

2.民國104年5月,教育部體育署同意補助本校「風雨球場新建」,總經費新台幣500萬元。

3.民國104年7月27日,本校與泰國Fang Vocational Education College 、Saraphi Technical College 、 Asia Technological College 、 Sankamphaeng Technical College 、 Chomtong Industrial and Community Education College等五所學校簽署MOU,締結姊妹校。

4.民國104年11月9日,日新大樓入口意象完工,總經費新台幣719,000元。

5.民國104年12月,教育部國民及學前教育署通過本校新建「綜合職能科暨專業實習大樓」規劃構想書,總經費8,400萬元。

6.民國105年5月25至31日泰國姊妹校Lampang Vocational College邀請前往Thailand參訪,此次參訪重點活動如下:
(1).與Lanna Commercial Technological College締結姊妹校
(2).參訪學校有Lamphun Technical College、Lampang Vocational College、
Singburi College of Agriculture and Technology
(3).參訪教育機構有office of Institute of Vocational Education: Northern Region 1
office of Institute of Vocational Education: Northern Region 3

7.民國105年7月31日,建置本校校園植物導覽立牌、校園植物網頁及手機導覽APP開發與製作。

8.民國105年8月1日, 人事室線上差勤系統,正式啟用。

9.民國106年8月1日,106學年度新設電子商務科

10.民國106年11月14日至16日承辦全國高級中等學校106學年度農業類學生技藝競賽。

11.民國107年3月8日綜合職能科暨專業實習大樓新建工程動土典禮。

12.民國107年3月15日,與IAF Technological College,Israel簽為姐妹校。3月17日與Al-RwadCompany,Palestine簽MOU(合作備忘錄)。3月19日與EshelHaNasiSchool,Israel學校簽為姊妹校。

第18任校長 陳勇利先生

任期:民國107年8月 〜 迄今

重要記事:

1. 民國107年8月1日,107學年度起停辦綜合高中。綜合高中班級轉回職業類科。

2.      民國107年12月10日,日本熊本縣立水俁高等學校由校長帶領師生百餘人至本校國際交流活動。

3. 民國108年1月18日至21日,辦理寒假反毒單車環島品德教育活動,全程303公里,沿途經過學校選定30間實施反毒標語攝影及致贈反毒貼紙活動,深化反毒教育。

4. 民國108年8月1日至109年7月31日,承辦109學年度臺南區高級中等學校免試入學分發工作。

5.  民國109年7月3日至7日,承辦109學年度高級中等學校免試入學分發,全國11就學區共同闈場。

6.  民國110年4月25日,舉辦綜合職能科暨專業實習大樓新建工程謝土典禮。