本校位於台南市佳里區,臨中央公路(台十九線)西側,創校於民國25年6月1日,由佳里庄和其他5個庄共同創設,創校名稱為「北門國民農學校」,招收學生36人,為三年制初級農校(等同現今國中學歷),民國30年校名改為「北門農業專修學校」,民國34年10月25日台灣光復,更名為「台南縣立北門初級農業職業學校」,由李延燕先生出任校長,民國45年招收五年制學生,民國47年1月,正式改制為五年制農業職業學校(等同現今高職學歷),更改校名為「台南縣立北門農業職業學校」,民國56年增設五年制農產製造科、園藝科,民國57年8月,配合九年國民教育的實施,五年制停止招生,改為三年制高級農校,更改校名為「台灣省立北門高級農業職業學校」,民國58年8月增設工科,遂又更名為「台灣省立北門高級農工職業學校」,民國61年,五年制最後一屆畢業後,於是成為完全的三年制高級農工職業學校,民國89年廢省,2月1日奉令改名為「國立北門高級農工職業學校」迄今。

  自創校以來,為適應時代潮流及社會需要,多次調整科別,增設(變更)學制、充實設備。民國57年改制為省立北門高級農業學校時,設三年制高農畜牧獸醫科及農業製造科,58年設立農業土木科,並為順應社會變遷與產業需求,增設工科電子設備修護與機械製圖兩科,每科1班,民國60年增設機工科招收1班,電子設備修護科增設1班招收2班,民國61年增設電工科招收一班,機械製圖科增設1班招收2班,民國65年農產製造科,更名為食品加工科,民國75年配合新課程之推動,由單位行業訓練改成群集教育課程,機工科更名機械科,電工科更名為電機科,電子設備修護科更名為電子科,民國76年8月配合教育政策「十年國教的實施」,辦理「延長以職業教育為主的國民教育」,簡稱延教班,招收未升學的國中畢業生,利用夜間分年段上課,授以職場所需一技之長,初設電子科,民國79年延教班電子科停招,改設食品經營科,由食品加工科承辦,招生二屆後,於民國81年改設水電技術科,由電機科接辦。民國83年8月奉令成立特殊教育實驗班,即綜合職能科,並開始辦理國中技藝班,民國84年延教班更名為實用技能班。民國85年2月增設營造技術科春季班,招生一屆後,於民國86年2月改設商用資訊科。民國85年8月,機械科由2班減招1班,改新設園藝科1班,民國86年8月,為適應未來高級中等教育的變革,增設綜合高中,招收3班新生(由當時雙班的電機及機械製圖兩科各調減1班及申請增設1班共3班),並於夜間辦理成人第二專長班,且鑑於造園景觀人才需求殷切,大專院校已有多所成立景觀學系,將成立1年之園藝科改制為造園科。民國87年8月綜合高中又申請增設3班,共招收6班新生,並於當年成立補校,設置食品加工科,民國88年8月補校又增設農業土木科,補校並更名為進修學校,同時綜理實用技能班業務。同年,日間部成立體育班,民國89年因應教育部頒訂新課程標準,機械製圖科更名為製圖科,畜牧獸醫科更名畜產保健科,原屬農業類的農業土木科奉准改為工業類土木科。民國93年增設日間實用技能班電腦繪圖科,民國105年製圖科更名為電腦機械製圖科,電機科新增1班,招收新生2班,綜合高中減招1班,招收新生5班。民國106年8月新設電子商務科,招收新生1班,食品加工科新增1班,招收新生2班,電機科及綜合高中各減1班,分別招收新生1班及4班,同年進修學校改為進修部。民國107年8月停招綜合高中,轉由機械、電機、電子、電腦機械製圖、土木及食品加工等科增為雙班招生,實用技能學程科別由此6科輪流辦理(辦理實用技能學程當年減招1班),民國109年8月,最後一屆綜合高中學生畢業,綜合高中正式結束。

目前學校規模(110學年度)

*高職部:

農科設有食品加工、畜產保健、造園等3科計有12班。工科設有機械、電機、電子、 電腦機械製圖、土木等5科計有27班。商科設有電子商務科1科計有3班。總共10科,42班。

*綜合職能科:每年級1班,共有3班

*體育班:每年級1班,共3班。


*實用技能班(日):三年級開設機械加工科1班,二年級開設營造技術科1班,一年級開設視聽電子修護科1班,共3班。

*資源班:2班

*進修部:設有資料處理科1科,共3班。

  目前全校教職員工約200人,班級數日間部53班,進修部3班,共56班,學生數1456人,自創校以來,秉承政府的教育目標。在歷任校長的精心擘劃與全體教職員工的辛勤灌溉下,已奠定了堅實的基礎並逐步發揚光大,已成為家長及學生心目中嚮往的學校,是社會所肯定的學校。