本校位於台南市佳里區，臨中央公路(台十九線)西側，創校於民國25年6月1日，由佳里庄和其他5個庄共同創設，創校名稱為「北門國民農學校」，招收學生36人，為三年制初級農校(等同現今國中學歷)，民國30年校名改為「北門農業專修學校」，民國34年10月25日台灣光復，更名為「台南縣立北門初級農業職業學校」，由李延燕先生出任校長，民國45年招收五年制學生，民國47年1月，正式改制為五年制農業職業學校(等同現今高職學歷)，更改校名為「台南縣立北門農業職業學校」，民國56年增設五年制農產製造科、園藝科，民國57年8月，配合九年國民教育的實施，五年制停止招生，改為三年制高級農校，更改校名為「台灣省立北門高級農業職業學校」，民國58年8月增設工科，遂又更名為「台灣省立北門高級農工職業學校」，民國61年，五年制最後一屆畢業後，於是成為完全的三年制高級農工職業學校，民國89年廢省，2月1日奉令改名為「國立北門高級農工職業學校」迄今。

自創校以來，為適應時代潮流及社會需要，多次調整科別，增設(變更)學制、充實設備。民國57年改制為省立北門高級農業學校時，設三年制高農畜牧獸醫科及農業製造科，58年設立農業土木科，並為順應社會變遷與產業需求，增設工科電子設備修護與機械製圖兩科，每科1班，民國60年增設機工科招收1班，電子設備修護科增設1班招收2班，民國61年增設電工科招收一班，機械製圖科增設1班招收2班，民國65年農產製造科，更名為食品加工科，民國75年配合新課程之推動，由單位行業訓練改成群集教育課程，機工科更名機械科，電工科更名為電機科，電子設備修護科更名為電子科，民國76年8月配合教育政策「十年國教的實施」，辦理「延長以職業教育為主的國民教育」，簡稱延教班，招收未升學的國中畢業生，利用夜間分年段上課，授以職場所需一技之長，初設電子科，民國79年延教班電子科停招，改設食品經營科，由食品加工科承辦，招生二屆後，於民國81年改設水電技術科，由電機科接辦。民國83年8月奉令成立特殊教育實驗班，即綜合職能科，並開始辦理國中技藝班，民國84年延教班更名為實用技能班。民國85年2月增設營造技術科春季班，招生一屆後，於民國86年2月改設商用資訊科。民國85年8月，機械科由2班減招1班，改新設園藝科1班，民國86年8月，為適應未來高級中等教育的變革，增設綜合高中，招收3班新生(由當時雙班的電機及機械製圖兩科各調減1班及申請增設1班共3班)，並於夜間辦理成人第二專長班，且鑑於造園景觀人才需求殷切，大專院校已有多所成立景觀學系，將成立1年之園藝科改制為造園科。民國87年8月綜合高中又申請增設3班，共招收6班新生，並於當年成立補校，設置食品加工科，民國88年8月補校又增設農業土木科，補校並更名為進修學校，同時綜理實用技能班業務。同年，日間部成立體育班，民國89年因應教育部頒訂新課程標準，機械製圖科更名為製圖科，畜牧獸醫科更名畜產保健科，原屬農業類的農業土木科奉准改為工業類土木科。民國93年增設日間實用技能班電腦繪圖科，民國105年製圖科更名為電腦機械製圖科，電機科新增1班，招收新生2班，綜合高中減招1班，招收新生5班。民國106年8月新設電子商務科，招收新生1班，食品加工科新增1班，招收新生2班，電機科及綜合高中各減1班，分別招收新生1班及4班，同年進修學校改為進修部。民國107年8月停招綜合高中，轉由機械、電機、電子、電腦機械製圖、土木及食品加工等科增為雙班招生，實用技能學程科別由此6科輪流辦理(辦理實用技能學程當年減招1班)，民國109年8月，最後一屆綜合高中學生畢業，綜合高中正式結束。

目前學校規模(112學年度)

*高職部：

農科設有食品加工、畜產保健、造園等3科計有12班。工科設有機械、電機、電子、 電腦機械製圖、土木等5科計有27班。商科設有電子商務科1科計有3班。總共9科，42班。

*綜合職能科：每年級1班，共有3班

*體育班：每年級1班，共3班。

*實用技能班(日)：三年級開設視聽電子修護科1班，二年級開設電機修護科1班，一年級開設電腦繪圖科1班，共3班。

*資源班：1班

*進修部：設有資料處理科1科，共3班。

　　目前全校教職員工約215人，班級數日間部51班，進修部3班，共54班，學生數1311人，自創校以來，秉承政府的教育目標。在歷任校長的精心擘劃與全體教職員工的辛勤灌溉下，已奠定了堅實的基礎並逐步發揚光大，已成為家長及學生心目中嚮往的學校，是社會所肯定的學校。